El museu conté materials etnogràfics recollits, des de la segona meitat del segle XIX, pels religiosos caputxins a la vasta zona de l'Amazònia colombiana regada pels rius Caquetá, Putumayo i Amazones, que va des de la falda de la serralada andina fins al trapezi amazònic, a la cruïlla fronterera de Colòmbia, Brasil i Perú.

Actualment al Museu Etnogràfic Andino - Amazònic s'hi exposen alguns dels elements més significatius de l'etnografia, zoologia i botànica andino-amazònica, com també una col·lecció de ceràmica precolombina, artesania indígena, màscares rituals i alguns testimonis etnogràfics d'altres cultures.